建设农产品检测实验室的目的就是检测农产品的质量，为生产者、消费者及政府提供科学、准确的质量数据，为整个社会服务。实验室是人员和仪器设备共同工作的场所，会用到大量的有毒有害试剂，会对实验室人员、仪器甚至周围环境造成不利的影响。实验室在建设和运行过程中会消耗大量的资源和能源，因此，还要考虑实验室的运行成本。因此，建设农产品检测实验室应遵循“三个保护，两个节约和一个确保”的原则。三个保护，就是要做到对人员的保护、对仪器设备的保护和对周围环境的保护。两个节约，就是在建设过程中节约资源，在使用过程中节约能源。一个确保，就是所有目的只有一个，确保检测结果准确可靠。
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